通常臨床推崇使用短效避孕藥，短效避孕藥所含有的雌孕激素量較少，對于人體的激素水平影響較小。短效避孕藥經常被臨床醫生用于治療各種月經不調，比如多囊卵巢綜合征、月經稀發、月經量較多以及青春期功血即功能性子宮出血的患者。月經量較多且月經不規律的患者，通常可使用短效避孕藥建立正常的月經人工周期，從而達到使其月經正常來潮和止血的效果。對于年輕且不抽煙的患者，通常只要口服短效避孕藥的方法得當，對于患者的子宮內膜便存在一定保護作用，且其避孕能效較高，可達到60%-70%以上的避孕效果。長效避孕目前在臨床的應用較少，長效避孕藥的避孕時間較長，為達到長時間避孕的作用，其含有雌孕激素的含量較高，雌孕激素未必定可被穩定吸收，其避孕效率較起短效避孕藥差，且長效避孕藥可能對女性的內分泌影響較大。部分患者服用長效避孕藥后可能出現月經量多、月經周期紊亂等情況，因此臨床醫生更患者推薦服用短效避孕藥。