宮頸糜爛為宮頸柱狀上皮異位，一般為生理性改變，與宮頸癌疫苗無關。如果宮頸柱狀上皮異位合并宮頸炎，反復刺激可增加宮頸癌概率。因機體存在炎癥，抵抗力下降，因此容易合并HPV感染并導致宮頸癌。從預防宮頸癌角度講，疫苗可預防HPV感染。若僅為宮頸柱狀上皮異位，不影響注射宮頸癌疫苗。 若患者已感染HPV，注射疫苗意義不大。如HPV16、18均已呈現陽性，打二價疫苗完全沒有意義，因疫苗作用于蛋白，感染過人群蛋白外殼已經脫落，DNA已整合至體內DNA內，因此疫苗對已經感染過的患者無效。