阿奇霉素可以用于治療尿道炎，主要應用于非淋菌性尿道炎的治療。引起非淋菌性尿道炎的病原微生物主要是沙眼衣原體、解脲支原體和人型支原體，男性主要表現為尿道口少量細胞分泌物以及排尿時疼痛感。女性多數沒有癥狀，可以在婦科檢查當中發現陰道異常分泌物。治療非淋菌性尿道炎，目前推薦應用阿奇霉素、多西環素，其它替代藥物有左氧氟沙星。對于不能使用多西環素的孕婦，推薦左氧氟沙星或者阿奇霉素進行治療，一般要求和性伴侶同時治療。非淋菌性尿道炎在臨床上的治愈標準，是臨床癥狀消失，尿道沒有異常分泌物，尿液澄清，行尿常規檢查時尿沉渣無異常，尿道分泌物和陰道分泌物的拭子檢查中，支原體和衣原體應當為陰性。