異環磷酰胺是臨床上經常使用的化療藥物，臨床上主要是對肉瘤、骨肉瘤，還有部分淋巴瘤的病人進行治療。異環磷酰胺經常和一些藥物聯合使用，基本上不單獨使用，基本上最常用的聯合化療方案是異環磷酰胺加表阿霉素的化療方案。這種化療方案對肉瘤效果非常好，用藥通常是一個周期需要用5天的時間。病人的化療反應相對來說也較大，主要的副作用是對白細胞和胃腸道的影響，就是應用異環磷酰胺化療方案后，患者可能會出現惡心、嘔吐的癥狀。在臨床上也會用異環磷酰胺加依托泊苷的化療方案，去治療如骨肉瘤這類較難治的腫瘤。對于骨肉瘤而言，如果能手術盡量手術，手術后通過異環磷酰胺加依托泊苷的化療方案去進行治療，加強手術后的治療效果。整體來說，異環磷酰胺在臨床上比較常用，經常和其他藥物組成聯合的化療方案，治療肉瘤、骨肉瘤和部分特殊類型的淋巴瘤等。