卵巢囊腫是否會自動消失要根據卵巢囊腫的性質決定，卵巢囊腫的分類以及預后具體如下：1、功能性卵巢囊腫：如果為功能性卵巢囊腫，比如炎性或排卵后造成黃體囊腫以及血體，可以自動消失；2、器質性卵巢囊腫：如卵巢腫瘤、畸胎瘤或卵巢的子宮內膜異位囊腫、巧克力囊腫，甚至是卵巢惡性腫瘤，不會自動消失。如發現囊腫應及時檢查，判斷良惡性，如為良性，＞5cm的卵巢腫瘤建議手術治療，如為惡性需手術并且明確診斷，通過靜脈抽血檢查腫瘤標志物，同時要做進一步的影像學檢查，如核磁、CT等。