對于口腔潰瘍，一般主要分兩大治療方法：1、外用藥物：首先可能考慮用外用藥物進行治療，外用藥物有很多選擇，如口腔潰瘍散、口腔潰瘍貼，或者碘甘油等這一類外用藥物，都可以進行口腔潰瘍病變部位的涂抹，從而使潰瘍區的炎癥消散，并且促進潰瘍愈合等。對于較嚴重，而且面積較大、長期不愈的口腔潰瘍，甚至可以用重組牛堿性細胞生長因子凝膠進行涂抹，將藥物涂抹于潰瘍處，從而能促使潰瘍盡快愈合，讓潰瘍周圍細胞快速增長，就可以解決口腔潰瘍的問題。另外，可以給予相應的漱口液漱口，通過這些藥物來進行口腔潰瘍的治療；2、口服藥物：對于口腔潰瘍伴有感染的患者，甚至要加用相應的抗炎藥物，如青霉素類藥物有阿莫西林、氨芐西林，頭孢類藥物如頭孢地尼、頭孢丙烯或者頭孢呋辛等，以及硝唑類藥物，有甲硝唑、替硝唑，或者奧硝唑等。