通常二甲雙胍不會影響男性性功能。因為二甲雙胍藥物的作用機理主要是通過改善胰島素敏感性，使患者的胰島素降糖效果更好，并且可以給身體帶來其他較好的作用。但是有些糖尿病患者覺得自己性功能變差，擔心服用二甲雙胍會進一步減低，此擔心可能比較多余。建議糖尿病患者除嚴格控制血糖以外，若有男性功能障礙，建議要積極到醫院診治，因為有可能會出現糖尿病植物神經病變合并周圍神經病變。但是最新也有研究觀察到長期服用二甲雙胍可能會影響維生素B12的吸收，而維生素B12對于神經纖維的構建比較重要。因此認為服用二甲雙胍導致維生素B12不足，可能會間接影響到男性功能。這種醫學聯系可能成立，但是在臨床上其實并沒有因果關系，因為較多糖尿病患者在沒有服用二甲雙胍時，本身的男性功能已經出現減退。但如果擔心是二甲雙胍導致維生素B12缺乏，可以到醫院做檢測，若確實有缺乏可以相應補充維生素B12。