卵巢巧克力囊腫對胎兒沒有直接影響，但巧克力囊腫在懷孕期間會發生變化，如破裂會造成早產甚至流產，對胎兒有一定影響。卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的主要表現形式，表現為卵巢內有中等大小的囊腫，里面充滿巧克力樣液體。卵巢巧克力囊腫通常與周圍有粘連，會降低生育能力，如果卵巢巧克力囊腫導致不孕，需手術治療，但如果懷孕，巧克力囊腫不會直接影響胚胎生長發育。巧克力囊腫患者在懷孕期間如發生并發癥，則會有潛在影響。常見并發癥為巧克力囊腫破裂，隨著子宮增大、牽拉，壓迫巧克力囊腫，造成囊腫破裂，表現為急性下腹痛、急腹癥，并引起宮縮，甚至增加流產、早產的風險，需及時手術，但此類情況比較少見，大部分巧克力囊腫可以在孕期平安度過。