甲減一般不能治愈，需終身進行甲狀腺激素替代治療，治療目標是將血清TSH值和甲狀腺激素水平恢復到正常范圍，使得臨床甲減癥狀和體征消失，從治療開始到體征緩解、好轉所需時間，取決于甲狀腺激素缺乏程度和藥物劑量補充強度。中重度甲減治療后，早期反應是利尿2-4kg。若早期有低鈉血癥，血清鈉水平會很快恢復；此后脈搏和脈壓增加，食欲改善，便秘緩解；再之后是運動能力增加，深腱反射延遲消失，聲音嘶啞緩慢減輕，皮膚、頭發改善會相對緩慢。在個體以完全替代劑量開始，游離T4水平會在6周左右恢復正常，血清TSH水平恢復到正常時間相對較長，3個月左右時間可恢復正常。