肛瘺手術的時間取決于肛瘺的復雜性。低位單純性的肛瘺，患者麻醉完成后，一般30分鐘就可以解決肛瘺問題。但是高位復雜性肛瘺，在治療的過程中需要采取掛線的治療方法，甚至其他更為復雜的手術方法，可能需要1個小時、2個小時。特別復雜的肛瘺，如果瘺管的位置比較深、創腔比較大，在手術的過程中創腔越深、血供越豐富，并且容易出血。在出血的過程中，如果不及時處理，可能甚至時間更長。所以肛瘺的手術究竟要多長時間，并沒有明確的時間規定，主要是要看患者肛瘺的復雜程度，以及手術醫生對于肛瘺疾病的認知程度、所從業的過程、臨床經驗、對肛瘺手術的熟練程度，這都是影響肛瘺手術時間的重要因素。