若存在細菌性腹瀉，患者需服用抗生素，首選抗生素為喹諾酮類，如利復星，即甲磺酸左氧氟沙星。對于腹瀉較嚴重的患者，可以靜脈點滴可樂必妥等抗生素。但14歲以下的兒童尚處于生長發育中，不宜使用喹諾酮類藥物，此時可使用頭孢他啶、頭孢克肟等三代頭孢，對于輕癥腹瀉的兒童可以服用偏廣譜的抗生素，如阿莫西林等抗生素。除抗感染治療之外，細菌性腹瀉的患者還可以適當口服補液鹽，以防水電解質失衡，可以補充鈉鹽、鉀鹽，防止電解質紊亂，若患者腹瀉明顯好轉，可以適當加用黃連素以緩解癥狀。腹瀉患者服用抗生素后，可以適當使用益生菌類藥物以調節腸道菌群。因為抗生素存在強力的殺滅細菌作用，有益菌也會受到影響，所以患者可以補充益生菌，有利于身體恢復，可以防止疾病慢性化。