肝囊腫手術的整體費用在10000塊錢以內，但具體需根據每個患者的情況分析，不同的患者費用差異極大。但大部分的患者在10000塊錢以內可解決，主要還是取決于患者體質。若患者體質較差，如心肺功能有異常，手術前還需要進行心肺功能評估、檢查、治療、會診等。上述項目都會增加住院時間，也會增加相關費用。此外，患者術后恢復的過程中也有可能出現相關的心肺功能不全或者其他組織、器官異常，此時需要增加相應的處理方式，進而增加費用。一般肝囊腫做腹腔鏡的肝囊腫開窗術即可，但有些肝囊腫巨大，如超過20公分，并且內部合并出血、感染、膽瘺。此時患者的病情較嚴重，手術后并發癥的發生概率也會增加，并且可能需要行開腹手術。此時患者術后的住院時間長，使用的藥物也相應增多，并且還要及時觀察，若出現并發癥也要及時處理。而上述因素都可能導致總體的費用明顯增加。若患者術后恢復順利，沒有出現相關的并發癥，則整體費用一般可以控制；但若出現相關的并發癥，甚至有可能需要二次手術治療，此時的具體費用無法預估。