龜頭炎常用的藥物有莫匹羅星軟膏、復方多粘菌素B軟膏、氟輕松乳膏，以及糖皮質激素類軟膏。對于滲出性龜頭炎，或包皮龜頭炎，多用一些抗生素軟膏，如應用莫匹羅星軟膏，具有抗菌消炎的作用。對于有霉菌感染的龜頭炎，可以使用復方多粘菌素B軟膏。對于環形的糜爛性龜頭炎，可以用糖皮質激素軟膏，如氟輕松軟膏或皮炎平(復方醋酸地塞米松乳膏或糠酸莫米松凝膠)。龜頭炎有不同的表現方式，有時是因為包皮龜頭出現霉菌感染，選擇時就要用抗霉菌藥物，如達克寧霜(硝酸咪康唑)也是不錯的選擇。對于一般細菌的感染潰爛，要選擇用抗生素軟膏，如紅霉素軟膏，還有扶他林(雙氯芬酸二乙胺乳膠劑)、莫匹羅星軟膏。有時候中藥洗劑也是不錯的選擇，如黃柏葉，有時候用康復新對于促進創面的愈合也很有幫助。用藥前要保持創面干凈，用溫水或生理鹽水保持創面干燥，及時換藥。如果有包皮過長，要及時做包皮切除，或等炎癥控制以后，做包皮切除，預防復發性的龜頭滲出或糜爛。