會厭谷的囊腫嚴重與否，主要與囊腫的大小、位置，以及是否合并感染有關。若會厭囊腫較小，沒有出現壓迫癥狀，同時沒有出現進食和吞咽障礙，可通過定期做纖維喉鏡檢查，來隨時觀察它的變化，若囊腫突然變大，再予以處理亦可。若會厭囊腫較大，可能會出現壓迫會厭的癥狀，以及出現吞咽障礙、進食困難和說話含糊感，嚴重時會出現呼吸困難。若會厭囊腫合并有感染，反復發作急性會厭炎，同樣會出現吞咽障礙及說話含糊感，嚴重時會出現呼吸困難，或引起猝死。此時應對會厭囊腫進行處理，在全麻手術支撐喉鏡下，切除會厭囊腫，緩解癥狀，消除引起的并發癥和呼吸困難的后患。