阿莫西林屬于青霉素類抗菌藥物，最嚴重的不良反應是過敏反應，嚴重不良反應會導致大面積皮疹、呼吸困難、過敏性休克等，過敏反應不會自己消失，需要緊急前往醫院搶救，若搶救不及時可引起生命危險。 因此，在使用阿莫西林類青霉素前要問以前有沒有青霉素過敏史、做皮試，若不良反應輕癥，如輕度皮疹、輕度藥物熱，輕度哮喘、惡心嘔吐等胃腸道反應，停藥后5-7天會逐漸消失。 阿莫西林還有其它不良反應，如導致貧血、血小板減少，導致肝臟轉氨酶的輕度增高。所以阿莫西林過敏若是嚴重會引起過敏性休克，要緊急搶救，若輕癥通常1周左右癥狀會消失。