小便時尿道疼痛是典型的尿道炎的表現，由于尿道外口周邊的細菌，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、異型桿菌等，沿著尿道外口侵入尿道至膀胱的黏膜上皮。細菌會在這些黏膜上皮的表面定植，導致尿路黏膜充血、水腫、腫脹，感覺神經外露，會造成尿頻、尿急、尿痛的感覺。特別是在排尿時，尿液流經已經炎癥腫脹的尿道部分，就會造成小便的時候尿道疼痛。由于是一種細菌感染所致的疾病，通常推薦使用喹諾酮類抗生素或者頭孢類抗生素進行治療。喹諾酮類抗生素一般首選左氧氟沙星，但是對于妊娠期、哺乳期、<18歲者，禁止使用喹諾酮類抗生素，會影響骨骼的生長發育。如果對青霉素和頭孢不過敏，可以選擇頭孢類抗生素，一般治療7天左右，患者就會有很好的改善，小便也不再疼痛。