絕大多數的藥物流產不會影響下次的懷孕，如果單純的藥物流產，服藥以后胎囊組織快速的完全的排除，產后恢復良好，通常不會對下次妊娠有負面的影響。但是如果出現感染、不全流產需要清宮等，通常會導致或增加子宮內膜損傷的機會。由于子宮內膜的損傷，特別是損傷到子宮內膜的基底層，而使子宮內膜失去正常的解剖形態與生理功能，使月經稀發或閉經，受精卵不能有較好的生長發育與著床的宮腔環境，一定會影響下次的妊娠。由于感染導致的盆腔的炎癥，引發輸卵管的炎癥，導致輸卵管的功能減弱或輸卵管的梗阻不通，會導致生育能力的下降、不孕或宮外孕的發生概率。