新生兒注射乙肝疫苗基本無反應，90%以上或者更高的幾率都沒有異常反應。只有極少數新生兒注射乙肝疫苗會出現低燒，一般在37℃左右或稍高，基本不會＞38℃，可能還會出現注射部位紅腫。乙肝疫苗是出生后就注射，安全性比較高，多數新生兒沒有異常反應。除本身患基礎疾病，如先天性免疫功能缺陷，此時注射乙肝疫苗后會有反應。目前比較嚴重的不良反應幾乎不存在，如血管減少、急癥等。因為是新生兒，剛接觸外界環境，因此會出現其他反應，但并不是乙肝疫苗注射所引起。因此需要注意區分是乙肝疫苗或自身疾病所導致。