前列腺囊腫通常都是男士在做前列腺B超時才會發現，大部分男性前列腺囊腫只有幾毫米，一般臨床上不會造成任何的癥狀，所以不必著急清除，即單純的囊腫不要治療。但如果前列腺囊腫合并了前列腺炎或者前列腺增生的癥狀，主張根據前列腺炎的治療原則，如有菌的前列腺炎加用抗生素進行治療，無菌前列腺炎可以用α受體阻滯劑，代表性藥物有坦索羅辛。或者參照中醫清淋的療法，使用癃清片、前列安栓等進行綜合治療。對于前列腺增生，除了α受體阻滯劑，還可以加用5α-還原酶抑制劑。由于前列腺囊腫其實是前列腺的腺管被堵塞造成，所以即使加用了α受體阻滯劑或者5α-還原酶抑制劑，或者有效的抗生素治療，通常前列腺囊腫的大小不會有太大變化，只是癥狀消除。但如果前列腺囊腫特別大，在臨床中相對少見，如2-3cm以上，又對尿道造成壓迫，可以考慮做經尿道的前列腺電切手術，將前列腺囊腫予以切除。