IgA腎病的發病機制目前不是特別明確，但醫學界廣泛認為，IgA腎病的發病與黏膜免疫有關，通常是由黏膜感染引起，比如上呼吸道感染、泌尿系感染以及腸道感染。IgA腎病患者在黏膜感染后，體內會產生糖基化異常的IgA，如果不能被免疫系統清除，就會沉積到腎臟的腎小球系膜區，最終會導致激活補體，引發腎臟疾病，比如血尿、蛋白尿等尿檢異常。臨床上有些患者會在上呼吸道感染以后，反復出現肉眼血尿，或上呼吸道感染以后，出現血尿和蛋白尿加重。因此患者如果由反復的扁桃體感染引發，建議切除反復感染的扁桃體。此外，用腸道釋放的布地奈德治療IgA腎病，也是目前IgA新的治療方法中的一種，