試管嬰兒懷雙胎的風險明顯大于自然懷孕的風險。根據目前統計結果，做試管嬰兒發生雙胎的概率為20%-30%，而自然懷孕雙胎的概率只有1%左右，這種情況的主要原因是由于在試管嬰兒的步驟中一個環節叫胚胎移植，做試管嬰兒的過程當中會促使多個卵泡發育，因此最終得到的胚胎會有幾個或者十幾個，甚至更多，而胚胎移植時一般都會選擇兩枚胚胎進行移植，如果選擇的兩枚胚胎都種植到母體的子宮腔，就會形成兩個不同的個體，即是雙卵雙胎。而在自然周期當中，女性一般情況下每個月只會自發排卵一個，因此自然懷孕大多數都是單胎，故試管嬰兒中雙胎的幾率明顯高于自然懷孕。 而雙胎在懷孕和分娩的期間，孕婦的并發癥和合并癥都明顯要高于單胎，所以目前許多生殖中心為了降低多胎的妊娠率，開始減少移植胚胎的個數，即有選擇性進行單胚胎移植，從而避免多胞胎的發生。