如果囊腫直徑較大，通常采用手術的方式處理囊腫。腹腔鏡下腎囊腫去頂術是較常用的手術方式，用于治療腎囊腫。此手術需在全麻下進行，即患者在麻醉下進行此手術。麻醉以后患者通常會采取側臥位，在腰部及腹部建立三個通道，分別放置內窺鏡、超聲刀、鉗子。通過內窺鏡觀察，通過超聲刀和鉗子的分離，明確囊腫位置，之后使用超聲刀將囊腫最頂端的一層囊腫壁切除，將囊腫內液體完全放出，放出之后在殘余囊腫壁內填充脂肪組織，此時手術基本完成。之后取出內窺鏡、鉗子、超聲刀并關閉切口，采用絲線縫合切口，此時手術徹底完成。患者經歷一周左右，傷口即可徹底愈合，拆線之后患者會達到痊愈。