通常認為近視手術是目前較安全的操作，但是同樣存在手術風險，以及有一定的后遺癥，并不存在100%安全且沒有后遺癥的手術。手術的風險主要表現在對眼表的損傷，如果視力矯正比較大，稱為過矯，或者視力矯正不夠稱為欠矯。上述風險主要取決于術前對患者的評估，以及醫生的手術經驗。所以近視眼手術雖然安全性非常高，還是有一定的風險。近視眼手術的后遺癥較少，主要表現為干眼。因為手術類似于在角膜磨制成近視鏡片，對角膜的末梢神經有傷害，可能誘發患者出現干眼癥狀，或者原有干眼癥狀加重。因此如果患者的眼部處于重癥感染的情況，則不建議進行近視手術治療。