子宮內膜囊腫往往是一種息肉樣改變，確實有可能發生癌變，但是可能性很少。尤其在年輕女性，只要月經規律，幾乎沒有發生過。但是如果有月經不好的女性，如長期的淋漓出血，此時需要警惕。部分老年女性已經絕經，此時發現息肉，需考慮是否有外源性雌激素的刺激，或者癌變的刺激，可能需要做宮腔鏡的檢查，排除是否有惡變的可能性。但是在大部分情況下都是良性的過程，而且年輕女性子宮內膜的囊性改變往往可以自然消失，可以靠吃避孕藥或者孕激素讓其消失，并不需要特殊治療。部分女性會覺得著急，好幾個月還沒有消失，如果沒有不規則出血的情況就繼續等待。但是當超過1年，可能還是需要醫源性處理，如手術或者宮腔鏡等。如果在幾個月時，可以用藥物觀察，也有可能讓其自然消失。