新生兒出生后婦產科醫生會對新生兒做評分，發現小兒口唇發紫，或者在聽診時出現心臟雜音，常開具心臟彩超申請單做檢查。此時超聲醫生主要看新生兒是否患有先天性心臟病，比如室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉以及各種復雜先天性心臟病、右室雙出口、完全性心內膜墊缺損、大動脈轉位等。 此外，超聲醫生通過心臟彩超可以觀察小兒是否有心臟結構問題，以及可以測量心功能、看心臟位置，都是小兒出生后醫生評分不高的情況下心臟彩超所要檢查內容。