做皮秒激光通常副作用很小，皮秒激光主要是治療皮膚的色素性問題，與傳統的治療色素的激光相比，能量更集中，因為脈寬更窄，意味著選擇性更高。激光的能量主要集中在皮膚中的色素顆粒、色素細胞上，而對周邊正常的皮膚組織幾乎不產生損傷，所以使用皮秒激光比以前的納秒級的激光副作用更小。以前的激光主要副作用是局部的刺激，包括紅、腫、疼痛等，而使用皮秒激光，這些副作用會極大減輕。但有一個前提條件，便是操作者的經驗，還有激光參數、能量等設置要正確，否則再好的機器如果使用不當，也可以出現副作用。如果能量過大，也有可能導致皮膚輕度刺激，引起局部的紅斑、水腫、治療后的炎癥性色素沉著等，但發生率很低，而且經過適當的處理，可以很快恢復正常，所以皮秒激光是一種相對而言療效高、副作用小的治療手段。