顯微根尖手術的適應癥比較廣泛，在常規根管治療失敗的情況下，即常規根管治療做完以后，根尖周仍然出現了根尖周組織病變不愈或感染更加擴散。在這種情況下都可以做根尖周手術，另一種情況下，已經做過根管治療的牙齒，如果患者不想再重新做一次治療，因為有時候重新再做治療的情況下，也不見得能夠更好的控制這種感染，都會采取顯微根尖手術的方法來清除感染。因為根尖周手術相對治療的次數要比根管再治療的治療次數少，而且根尖周手術能夠更有效地清除根尖周感染，所以目前在治療根尖周再次感染或遷延不愈的根尖周疾病的情況下，微創根尖周手術能夠起到比較好的效果。