通常選對咽喉鏡型號，操作足夠輕柔，一般不會引起患者明顯的不適。電子喉鏡在中國檢查指南中被列為目前較為無創的檢查，尤其對12歲以下小朋友，鼻咽喉部檢查為所推薦的一類檢查手段。目前鼻咽喉鏡小、中、大號具較為齊備，且可以在表面麻醉甚至無麻的情況下進行，不需要空腹，隨時可以檢查，做電子咽喉鏡患者，偶爾的不適一般可以耐受。咽喉鏡檢查所引起的不適，主要是鼻腔異物感、鼻癢、容易打噴嚏。主要在喉部較敏感的患者中出現不適，表現為反胃、惡心。此時可以通過做檢查前，鼻腔局部用減充血劑、口咽部用表面麻醉劑，可以減少鼻腔以及咽部的反射，進一步減輕不適癥狀。