幽門螺桿菌感染的診斷按是否需要胃鏡檢查，分成侵入性檢測方法和非侵入性檢測方法，通過胃鏡檢查時，可以夾取胃黏膜的活組織標本，然后把這塊標本放到一種試劑里，叫快速尿素酶檢查，因為幽門螺桿菌含有尿素酶，在試劑盒就可以檢出尿素酶，如果呈陽性，說明有幽門螺桿菌感染。夾取的胃黏膜組織，還可以通過組織學的切片，在鏡下染色，可以觀測到有幽門螺桿菌的存在。所以如果做胃鏡檢查時，通過夾取胃黏膜的標本，可以判斷是不是有幽門螺桿菌感染。 如果不愿意做胃鏡檢查，這時可以進行呼氣檢測，也可以進行糞便幽門螺桿菌抗體的檢測，呼氣檢測目前在臨床，無論是在醫院還是在體檢中心都開展得非常普遍，這里有碳13呼氣試驗和碳14呼氣試驗，呼氣試驗是目前非常受病人歡迎的一種檢測方法，因為無創，病人沒有痛苦，而且準確性也非常高。血清學的檢測在臨床上并不可靠，只能證明是有幽門螺桿菌曾經感染過，但并不能確定現在是否感染。