CT和磁共振的工作原理不同，導致CT有輻射，而磁共振沒有輻射。磁共振是通過人體內氫原子核在高強磁場中激發與還原，然后收集信息重建圖像，而CT是通過X線輻射穿透人體產生的效應來重建人體圖像，故磁共振所指的核為人體內氫原子核，而非輻射核，CT是利用X線，所以有輻射。 雖然磁共振無輻射，但因其和CT檢查不同，故有些情況下無法相互替代。如果檢查肺結節，則不能選擇磁共振，此時必須要用CT。因此，對于臨床檢查而言，醫生會根據具體情況來選擇可靠的檢查方式。