肛周膿腫術后有大約10%會復發，因為肛周膿腫和肛瘺在肛腸科對手術的方式、手術要求相對比較高。因為肛周膿腫的發病原因，是通過肛門內肛腺感染以后形成的感染，而且肛門周圍有很多復雜的腔隙和肌肉。在手術的過程中，術前診斷和手術的過程中，沒有完全把腔引流通暢，或者沒有找到腔，會嚴重影響手術結果。 在術后愈合的過程中，初期可能傷口慢慢在向前生長，一般生長到20天左右，專科的醫生會通過分泌物，患者的疼痛感覺做出初步的判斷手術是成功還是可能要復發。會做進一步的檢查，比如核磁、CT。如果能在愈合的中期發現復發，再進行一次的手術，相對不會耽誤愈合時間。如果很長時間以后才能斷定是復發，這對患者影響和損傷比較大。