尿中結晶的析出與形成該結晶物質的濃度、溶解度以及尿液的酸堿度、溫度等因素有關。常見的生理性結晶，有草酸鹽結晶、尿酸鹽結晶等，還有磷酸鹽結晶、碳酸鹽結晶等。攝入巧克力、花生、菠菜等食物在正常的尿液中可出現草酸鈣結晶，結石癥患者尿液中可發現大量的草酸鈣結晶伴紅細胞。如果草酸鈣結晶排出增多，患者臨床表現出尿路刺激癥狀，如尿痛、尿頻、尿急或腎絞痛。多食含高嘌呤的動物內臟，也可以使尿中的尿酸濃度增高，發生高尿酸腎病及尿酸結石。 病理性結晶，如亮氨酸結晶、酪氨酸結晶，見于組織大量壞死性疾病，大量胱氨酸結晶是腎或者膀胱結石的先兆。藥物結晶出現的頻率現在也越來越高，此情況對腎臟有損害，建議長期用藥前后監測，腎毒性藥物用藥前進行規范的預習式處理。