初生兒黃疸最常見的原因是生理性的黃疸，與新生兒膽紅素代謝特點相關，包括膽固醇生成相對較多、肝細胞對膽紅素的攝取能力不足、血漿白蛋白連接膽紅素的能力差、膽紅素排泄能力缺陷、腸肝循環增加等。因此，60%的足月兒和80%的早產兒在生后第一周會出現肉眼可見的黃疸。病理性的黃疸的原因有： 1、膽紅素生成過多、過多的紅細胞破壞以及腸肝循環的增加，使血清未結合膽紅素升高。常見的病因有紅細胞增多癥、血管外溶血、同種免疫性溶血、感染、腸肝循環增加、紅細胞膜缺陷、紅細胞形態學異常、血紅蛋白病、維生素E缺乏等； 2、肝臟膽紅素代謝障礙。由于肝細胞攝取和結合膽紅素的功能低下，使血清未結合膽紅素升高，常見的病因有缺氧、感染、Crigler-Najjar綜合征、Gilbert綜合征、Lucey-Driscoll綜合征、部分藥物如磺胺藥物、水楊酸鹽、吲哚美辛、毛花苷丙等，以及先天性甲狀腺功能低下、垂體功能低下、21-三體綜合征等； 3、膽汁排泄障礙、肝細胞排泄膽紅素障礙或者是膽管受阻等可導致高結合膽紅素血癥，若同時伴肝細胞功能受損，也可以有未結合膽紅素的升高。常見的病因有新生兒肝炎、新生兒代謝性缺陷病、膽管阻塞、Dubin-Johnson綜合征等。