女嬰會陰部兩側是黑色，具體原因如下：1、衛生條件不好：衛生工作沒有做好，有分泌物殘留，造成會陰部兩側有黑色物質存在。此時通過清洗會陰部，黑色物質就會慢慢減少；2、母體激素影響：如果出現激素水平不均衡，也會導致女嬰會陰部兩側是黑色，因為女嬰受到母體激素的影響，形成假月經。此外，可能是因為女嬰離開母體以后，下丘腦激素水平不平衡，即使出生以后，也會出現類似月經的東西；3、本身激素影響：因為女嬰本身激素水平，比如腎上腺皮質功能亢進的時候，陰唇會發生黑色素沉著，所以也會出現會陰部兩側是黑色的現象。