卵圓孔未閉的手術治療，主要是采用介入封堵手術治療，操作時間通常在半小時到1小時左右，但對于部分患者有所不同。對于兒童，如果患兒無法配合操作，則可能需要全身麻醉，在氣管插管下完成手術。因為需要麻醉的時間以及復蘇的時間，所以手術所需時間較長，會多半小時到1小時不等。對于成人而言，患者可以配合，所以大部分患者可以在半小時到1小時完成手術。部分患者卵圓孔未閉較小，甚至有的人可能只有2-3mm，但這類患者出現偏頭痛，或出現反復腦梗，則需積極手術治療。在手術過程中，因為卵圓孔未閉缺損較小，所以在穿刺、導絲過程中可能有一定難度，手術時間就可能偏長。