牙周膿腫一般是齦下菌斑引起，主要致病菌有牙齦卟啉單胞菌、中間普氏菌等。通常致病的細菌是厭氧菌，所以在治療牙周膿腫時需要使用抗生素，如甲硝唑、替硝唑等抗厭氧菌抗生素。 細菌一般在正常人口腔內大量存在，但是如果沒有齦下菌斑和牙石大量堆積，通常不致病。當大量牙結石不能得到有效清除時，這些細菌長期刺激牙周膜，會導致牙周膿腫發生。牙周膿腫是牙周炎進展的最后階段，一旦得了牙周膿腫，牙齒表現出松動、伸長，部分牙齒可能無法保留，需拔除。