龜頭流膿、小便刺痛通常考慮為泌尿系統感染所造成，包括包皮龜頭炎或尿道炎，有可能是性傳播疾病或者細菌、滴蟲等感染所致。性傳播疾病包括淋菌、支原體、衣原體等疾病，可以導致臨床上出現龜頭的潰瘍、糜爛、疼痛、水腫以及流出膿性分泌物等臨床表現。在臨床上可以針對敏感的藥物采用抗生素進行治療，包括頭孢類、喹諾酮類等藥物。對于其他細菌所導致的感染，根據藥敏的結果也可以選用適宜的抗生素進行治療。如果癥狀反復感染、遷延不愈，需要考慮是否存在泌尿生殖系統的病變，如包莖。反復的包莖會導致包皮潰瘍、粘連、糜爛，引起反復的包皮龜頭炎，必要時需要行包皮環切術。