雙側基底節區腔隙性腦梗塞的治療，基本上同正規、一般的腦梗死治療一樣。一般采取內科治療方法，加上康復的治療。內科治療大部分是采用藥物治療，包括抗血小板聚集的藥物，如阿司匹林、氯吡格雷等制劑。少數情況如果存在房顫，會使用華法林、利伐沙班等藥物。極少數情況下，纖維蛋白較高，可以用降纖酶。另外還可以用一些改善血液循環的中成藥，包括血塞通制劑等，還可以用清除氧自由基的藥物。上述藥物的急性期使用，可以挽救尚未死亡的腦組織。如果存在一定的癱瘓，等待病情穩定以后，需要及時進行康復治療，也叫物理治療。而腔隙性梗死的一個特點是反復發作，所以要積極做好預防，尤其是注意控制好血壓，注意血氧、血壓的波動幅度避免過大。