腦囊腫大部分是指蛛網膜囊腫，大部分孩子沒有特別癥狀，而是無意中發現，像孩子比較皮，兩個人頭撞了一下，或者自己就摔一下，去做CT發現腦子里面有個囊腫，多數人是這種情況發現的。但是少數孩子有其他癥狀，如單側顱骨膨隆，少見早期單側頭痛癥狀，同時伴有眼睛斜視，或單側眼睛對光線較敏感。通常蛛網膜囊腫巨大，而且腦張力較高，才有特殊癥狀。此外，腦內有其他囊腫，包括囊性腫瘤，如皮樣囊腫、表皮囊腫，一般壓迫局部腦組織，可產生相應的癥狀，如輕偏癱或其他癥狀，此時可能考慮為囊性改變。