只要在懷孕49天內都可以進行藥物流產。藥物流產最佳時間必須結合超聲檢查，因為部分女性會認為藥物流產時間越早越好，但其實并不這樣，由于過早妊娠，過早進行超聲檢查，無法發現妊娠囊的位置，這種情況反而無法進行藥物流產。在只是出現宮內暗區的情況下，女性陰道出血時有可能隨著經血排出，此時無法明確判斷胎囊是否排出。所以一般認為只要是在49天之內，B超顯示在孕6周左右，此時可能是比較好的時間，因此可以結合超聲檢查決定最佳時間。