目前多囊卵巢是不是和基因、遺傳、其他外界因素有關，目前病因不是特別清楚。從病理生理的角度講，卵巢每個月會有排卵，每個月會形成一個優勢卵泡，抑制其他卵泡。但是由于內分泌失調，優勢卵泡沒有形成，而所有卵泡競爭性地長，這時卵巢形成多囊狀，哪個也不排卵。因為沒有優勢，激素分泌水平會有異常，這是形成多囊卵巢的病理生理情況。大部分病人會伴有高雄激素血癥，身體會出現多毛、痤瘡，部分人可能伴有肥胖、胰島素抵抗。這時查血糖和胰島素，可能會有輕微異常，這是多囊卵巢的病理生理表現。這些病人主要危害在于不排卵，懷孕會成問題，不容易受孕，會有不孕的情況。此外多囊卵巢由于雄激素高、孕激素不足，導致內膜缺乏孕激素保護，如果不予治療，可能在未來得子宮內膜癌的幾率比別人高很多。