慢性乙型肝炎治療并無特效藥，通常很難達到徹底治愈。但通過合理治療，病情通常可以得到控制。目前治療乙肝目的是最大限度長期抑制乙肝病毒復制，以及減輕肝細胞炎癥壞死及肝臟纖維化組織增生，延緩和減少肝功能衰竭、肝硬化失代償、肝癌等并發癥發生，改善患者生命質量，延長生存時間。 部分條件適合患者，通常追求臨床治愈效果，即肝臟生化指標正常。但因為患者肝細胞核cccDNA沒有被清除，故存在乙肝病毒再激活，甚至可以發生肝細胞癌的風險。