孩子肚臍上方疼主要原因具體如下：1、胃部疾病：肚臍上方即上腹部，存在各種臟器，胃部疾病如胃炎、慢性胃竇炎、淺表性胃竇炎、十二指腸球部潰瘍可出現上腹部疼痛，孩子可罹患胃病，因為生活節奏較快，飲食講究快餐式，兒童患胃病、十二指腸潰瘍在臨床中較常見，年齡較小的孩子可出現胃部不適感；2、幽門螺桿菌感染：家長若存在幽門螺桿菌感染，由于我國不實行分餐制、公筷，通過餐飲可發生傳染；3、腸系膜淋巴結炎：也可出現上腹部疼痛；4、受涼：晚上睡覺后保暖措施不足亦可引起上腹部疼痛；5、胰腺炎：少數兒童胰島管先天性結構異常，胰腺位于上腹部、腹腔后，亦可出現腹痛。