青光眼的患者，手術前不能散瞳，而在手術后，可以根據情況使用阿托品。青光眼絕大部分類型為原發閉角型青光眼，也就是淺前房、窄房角，虹膜跟角膜組織之間較窄。虹膜中央的缺損為瞳孔，如果使用阿托品，會造成瞳孔散大，虹膜組織向周圍堆積，虹膜和角膜之間的夾角、間隙就會更小。房水引流的最關鍵部位為前房角，70%以上的房水，都要通過前房角流出到球外，進入靜脈系統。如果散瞳后虹膜組織堆積，房角變小，房水不容易進入前房角，會流出球外，誘發青光眼的發作。即使開角型青光眼、先天性青光眼，亦不建議使用阿托品。青光眼手術后需要散瞳，在炎癥反應較重時，甚至前房淺，仍然可能使用阿托品散瞳。因為青光眼手術后，眼內結構發生改變，房水通過后房、瞳孔、虹膜周邊部的根切口進入前房，通過眼球表面的濾過道流出眼球，不再通過前房角引流，此時散瞳可以使睫狀肌松弛、懸韌帶變短、晶體變扁平，加深后房，亦同時加深前房，有利于眼內結構的恢復。