注射第2針A群流腦疫苗以后，出現高熱可能有以下原因：1、免疫反應：要考慮是否和A群流腦疫苗有直接關系，因為A群流腦疫苗屬于多糖疫苗，這種多糖疫苗作為抗原，會刺激人體的免疫系統出現免疫反應，而過強的免疫反應會出現體溫的升高，從而發生高熱。這種情況發生的幾率比較低，但有可能存在；2、感染：如果注射A群流腦疫苗的同時繼發了其他的組織、器官的感染，如細菌的感染或者病毒的感染，在注射A群流腦疫苗的同時就會出現由于其他病原微生物的感染而導致的發熱，與A群流腦疫苗就會出現重疊或者巧合。所以在判斷的時候，要在患者出現發熱的同時觀察是否有呼吸道的癥狀，如咳嗽、咳痰、氣促、紫紺，以及是否有消化道的癥狀，如腹疼、腹瀉、排大便有膿球，腸道是患兒比較常見的感染部位。但是無論是什么原因造成的高熱，注射A群流腦疫苗以后如果體溫比較高，達到38°C以上或者39度°C的高熱。這種情況下，建議不要在家觀察，應該到醫院由專科醫生進行檢查、判斷和處理。