慢性扁桃體患者較容易患扁桃體結石，在慢性炎癥刺激下，扁桃體會產生的分泌物會在局部聚積，扁桃體本身是蜂窩狀的結構，即存在多個小孔，每個小孔都可能有炎性分泌物聚積，聚積后會形成結石。結石較小時可能在扁桃體隱窩藏著，結石較大時可能通過吞咽或其它動作使結石掉下來。若結石不能順利掉下，在隱窩內堵塞可能引起炎癥加重，炎癥分泌物不能及時排出來，可能容易使慢性扁桃體炎經常發作，變成急性扁桃體炎。慢性扁桃體患者容易出現口臭，是由于結石經常在口腔里停留，時間過久會產生異味。扁桃體結石的患者建議進行手術，把扁桃體摘除，扁桃體摘除后，可避免慢性扁桃體炎出現，也避免急性扁桃體經常發作，甚至可避免慢性扁桃體炎引起的心肌炎、腎炎等。