骶骨囊腫在臨床中較常見，通常癥狀不明顯。較多病人是在常規體檢，或附近部位檢查如骨盆或婦科檢查拍片時，無意中發現骶骨囊腫。對于小的囊腫，病人可能沒有任何癥狀，但囊腫逐漸增大后可能會出現部分癥狀，如病變部位骶骨疼痛。此時疼痛通常是深度、深層次的疼痛，而不是較表淺的疼痛，且疼痛在外界刺激時較明顯，如病人受涼、勞累、局部按壓或碰撞時。如果沒有外界刺激，疼痛較不明顯，在休息時可以明顯得到緩解。 如果囊腫進一步發展、增大，逐漸侵蝕周圍骨質，甚至壓迫或刺激周圍神經如骶神經，可能會引起神經支配區域的放射性疼痛或感覺障礙，可出現麻木、感覺遲鈍。如果壓迫或刺激馬尾神經，可能會導致大小便功能障礙，甚至出現大小便失禁。