小兒皰疹性咽峽炎的治療，以對癥支持治療為主。皰疹性咽峽炎主要由病毒感染引起，并沒有特效的抗病毒藥，所以是對癥處理為主。大多數皰疹性咽峽炎會出現發熱，這時要進行降溫處理。如果測量體溫只是低燒，精神狀態很好，可以先進行物理降溫，然后再監測體溫。如果體溫比較高，比如腋溫≥38.5℃，或肛溫≥39℃，可以選用藥物降溫。小兒常用的退燒藥包括布洛芬和對乙酰氨基酚，布洛芬適用于6個月以上的小兒，對乙酰氨基酚適用于3個月以上的小兒，在一次發熱病程中，盡量選用同一種退燒藥，不到迫不得已，不要布洛芬和對乙酰氨基酚交替使用。皰疹性咽峽炎患者口腔會有腫痛，口水分泌和咽喉分泌物會很多，這時要注意清理分泌物，保持口腔衛生。同時還可以噴一些清熱利咽的噴劑，緩解咽喉腫痛的癥狀，需要注意多休息。