傳統用于治療扁平疣的方法包括冷凍、電灼等，但是復發率較高，容易留有瘢痕影響美觀。近年隨科學技術發展，扁平疣治療方法逐漸增多，包括藥物和非藥物治療，還有多種光電療法，例如光動力治療、點陣激光、脈沖染料激光、532nm激光等。扁平疣治療因人而異，不同患者對疾病治愈美容要求不同，還有個人體質差異以及經濟承受能力不同，相應選擇方法有所不同。 扁平疣呈現淡粉色的患者可以選用脈沖染料激光聯合藥物進行治療；如果呈現棕色或褐色，對于厚度較薄的皮損可以選用532nm的倍頻Nd:YAG激光進行治療；免疫耐受及難治性、復發性扁平疣患者可以選擇不良反應較小的光動力聯合藥物，包括干擾素、咪喹莫特以及卡介菌多糖核酸等免疫調節劑進行治療；對于外觀及體驗感要求高的患者可以采取光電和藥物等聯合治療，如使用IPL或者2940nm鉺激光聯合光動力治療，既可以達到美容效果，又可以達到較好療效；對于皮損較厚且經濟承受能力不高的年紀較大患者可以采取二氧化碳激光聯合外用藥物方式進行治療。