血-腦屏障對于大腦有重要的功能，可以保證大腦與營養供應相關的有用分子，如葡萄糖等，能夠通過血-腦屏障，對大腦進行物質交換和養分供應。將不好的物質拒之門外，減少對大腦的干擾。有些藥物在正常情況下可能不能通過血-腦屏障，但是在炎癥狀況下可以通過血-腦屏障進入大腦，可能對人體仍然有利。若出現中樞神經系統感染，如細菌性腦膜炎，此時應利用血-腦屏障的特點，選擇可以通過血-腦屏障的抗生素，通過血-腦屏障進入大腦，進行抗感染的作用。